依据当前的法律体系，我国的民间组织应当在民政部门登记注册，民间组织主要包括三类：依据《社会团体登记管理条例》（1998）登记注册的社会团体，依据《基金会管理条例》（2004）登记注册的基金会，以及依据《民办非企业单位登记管理暂行条例》（1998）登记注册的民办非企业单位。其中，前两种登记后获得社会团体法人资格，最后一种视不同情况获得法人、合伙或者个体的行为主体资格。

按照条例，未经批准、登记而以民间组织名义开展活动的将受到处罚。民政部并于2000年4月颁布了《取缔非法民间组织暂行办法》，规定凡未经登记以社会团体或者民办非企业单位名义进行活动，或未经批准开展社会团体筹备活动的，以及被撤销登记后继续以上述名义活动的，均被视为非法组织，由社会团体和民办非企业单位登记管理机关取缔并没收其财产。

当前我国民间组织登记管理体制的核心原则是双重管理体制，即对民间组织实行“登记管理机关”和“业务主管单位”的双重管理。“登记管理机关”是指国务院民政部门和县级以上地方各级人民政府民政部门，它们分别作为本级民间组织的登记管理机关，具有登记、年检、监督等3项管理职责。“业务主管单位”是指国务院有关部门和县级以上地方各级人民政府有关部门、国务院或者县级以上地方各级人民政府授权的组织，它们是相关行业、学科或者业务范围内民间组织的业务主管单位，具有审查、指导活动、年检初审、协同监督等5项管理职责。因此，要登记一个民间组织（社团、民非，或者基金会），在到民政部门登记注册之前，首先必须获得一个“业务主管单位”的审核批准。由于业务主管单位要对所属民间组织的各种活动负监管责任，而条例中并没有规定哪些部门必须接受什么组织的申请、作为其业务主管单位，所以，实践中，各个具有业务主管单位资格的部门，大都采取“多一事不如少一事”的态度，并不真正接受民间组织的申请，这使得民间自发申请的组织很难获得登记资格，而为政府自身建立“民间组织”提供了便利条件。

双重管理体制自实行以来不断受到研究者以及民间社会的批评，政府部门的态度也开始有所松动。目前，在社区、农村专业经济技术组织、行业协会等领域，开始有备案制、设立专门的业务主管单位接受申请、允许社区或社团作为业务主管单位、民政部门自身作为业务主管单位、取消双重管理等等的探索，当然，还仅局限于某些地区、特定领域和基层范围。双重管理体制已经成为制约民间组织获得合法身份的重要原因，也是与“结社自由”的原则不相符合的，必然面临着改革。但是，目前管理中对民间结社的“不放心”，特别是政治上管理的需要，双重管理体制的取消在近期还不会实现。

对民间组织管理的其他特征原则还包括：第一，分级管理原则，即对社会团体按照其开展活动的范围和级别，实行分级登记、分级管理；对民办非企业单位，登记管理机关负责同级业务主管单位审查同意的民办非企业单位的登记管理；基金会只能在民政部和省、自治区、直辖市的民政部门登记注册，其中境外或原始基金在2000万元以上的基金会只能在民政部登记注册。第二，非竞争性原则，即在同一行政区域内不得设立业务范围相同或者相似的两家社会团体或民办非企业单位。第三，限制分支原则，即社会团体不得设立地域性的分支机构，民办非企业单位不得设立分支机构。第四，税收政策特批原则，即目前获得登记的民间组织，也仅仅获得了合法的生存地位，而相关的税收优惠，虽然有《公益事业捐赠法》等的规定，但由于缺乏政策细节，实际上是以特批的形式赋予的。这些原则均很大程度上限制了民间组织的发展。

应该说，2004年新出台的《基金会管理条例》在非公募基金会、境外基金会、分支机构等的设立方面，有所改善。社会团体和民办非企业单位的管理条例还有待更多改革。