非营利组织作为一种主要的社会力量，在世界范围内的兴起主要是在20世纪最后二十年里。但是作为社会组织的基本形式之一，其存在历史至少和近代资本主义一样悠久。

在近代资本主义产生以前，基督教组织在救济穷人、帮助病者、关照老人儿童等公益事业中扮演着重要的角色；至中世纪时期，基于基督教会发展起来的慈善事业已经在社会上影响广泛；  文艺复兴与宗教改革以后，许多慈善机构脱离了教会的管理和控制，转入世俗社会，同时，这些脱离了教会支持的慈善机构不得不重新考虑资金运作机制，从而私人慈善逐渐发展起来；17世纪后叶到18世纪，随着资本主义的产生和发展，个人自由的经济空间和社会自治的要求不断增长，公民自组织在经济、社会生活中的作用日渐显现，这些与宗教和国家政治统治相对独立的公民志愿组织，即今天非营利组织的雏形。

早期出现的非营利组织带有两种倾向，第一类与权利斗争相关，在16、17世纪工业革命和圈地运动中，资产阶级和自由产业工人队伍逐渐形成，资产阶级新贵族寻求独立自主的经济自由和个人自主空间，要求结盟，反对专制统治；同时，失去土地的农民和产业工人，收到剥削压迫，也频频掀起社会运动，并逐渐建立起各种自发的组织。这些与政治权益相关的早期的非营利组织也是个人权利、自由、民主、自治等价值取向的体现。还有一类是慈善和民间公益的发展。英国在1601年就颁布了《慈善法》和《济贫法》，鼓励开展慈善救济等社会公益活动的非营利组织的发展，美国在独立战争前便有非营利组织的传统，如哈佛大学、新泽西大学（普林斯顿大学）等著名大学均创设于17世纪。

可以认为，早期非营利组织的出现，是国家主导的社会秩序衰落，资产阶级寻求独立自主的经济自由和公民自治空间，向国家分权的产物。其产生历程首先是17世纪英国的资产阶级革命，实践了民主、共和的理念；继而是18世纪60年代始于英国的产业革命，使得资本主义作为一种基本的生产方式和社会经济制度逐渐走向成熟，营造了非营利组织产生的经济基础和制度土壤；另外，在理念渊源上，基督教的宗教取向赋予神权以超越世俗国家的地位，从而在社会中构成双重中心的权力结构，很早就在西方社会里种下了权力分立、有限国家的理念，同时，宗教慈善也是西方慈善精神与公益传统的基础。

随着19世纪末资本主义发展进入“垄断资本主义”时期，财富的集中导致贫富分化也在加剧，一方面，推动社会变革的工人组织不断出现；  另一方面，出于对贫困者的关怀，或者垄断资本家为缓解社会矛盾，各种致力于慈善事业的基金会以及其他非营利组织纷纷建立。  同时，在科技发展背景下，一批致力于社会公益事业的非营利组织也出现在科学、教育、卫生等领域。  二战以后，人们对战争的抵触和对人类的关怀意识增强，大量的权力保护组织和和平维护组织涌现出来，比较具有代表意义的包括人权组织、妇女组织、产业工人组织、农民组织、儿童保护组织，以及各种反战组织等，它们在各国的社会重建和社会变革中发挥了积极作用。在战后经济恢复和社会重建的过程中，一批致力于慈善救助、环境问题等公益事业的非营利组织也应运而生。  20世纪70－80年代以来非营利组织的发展进入了一个繁盛时期。

总体上看，西方非营利组织的发展始终沿着两个主线展开：第一条主线是慈善公益，特别是教育、卫生、慈善服务等公益组织的发展，其渊源根植于基督教慈善精神；第二条主线是公民权利，特别是对弱势群体权利的维护和对普世性人权的关怀。这也构成公民社会的两个核心价值：公民权利和社会自治。